兩岸企業(yè)家峰會(huì)發(fā)端于江蘇省南京市，在國(guó)務(wù)院臺(tái)辦、中央有關(guān)部委的關(guān)心指導(dǎo)和江蘇省委、省政府的大力支持下，圍繞深化兩岸經(jīng)貿(mào)合作和推動(dòng)企業(yè)轉(zhuǎn)型升級(jí)主題，南京市政府分別于2008年、2010年、2011年和2012年成功舉辦四屆海峽兩岸企業(yè)家紫金山峰會(huì)，受到了兩岸各界的廣泛關(guān)注。 

　　隨著兩岸關(guān)系和平發(fā)展不斷鞏固深化，兩岸產(chǎn)業(yè)的交流與合作需要新思維、新做法，兩岸經(jīng)濟(jì)界迫切需要成立一個(gè)最具權(quán)威性、開放性、務(wù)實(shí)性的高端交流合作平臺(tái)。在2012年的海峽兩岸企業(yè)家紫金山峰會(huì)上，與會(huì)政經(jīng)產(chǎn)學(xué)界人士發(fā)布共同倡議，建議在兩岸分別成立兩岸企業(yè)家峰會(huì)社團(tuán)，除每年輪流在大陸及臺(tái)灣舉行年會(huì)之外，根據(jù)兩岸企業(yè)界的實(shí)際需求設(shè)立產(chǎn)業(yè)合作推進(jìn)小組，開展常態(tài)化的交流，以具體務(wù)實(shí)的方式推動(dòng)兩岸企業(yè)的交流合作和產(chǎn)業(yè)的融合發(fā)展。 

　　在兩岸雙方的共同努力下， 2013年7月，兩岸企業(yè)家峰會(huì)社團(tuán)在北京市成立，同年7月，臺(tái)灣兩岸企業(yè)家峰會(huì)社團(tuán)在臺(tái)北市成立。曾培炎、蕭萬長(zhǎng)分別當(dāng)選峰會(huì)大陸方面和臺(tái)灣方面理事長(zhǎng)，盛華仁、江丙坤分別擔(dān)任峰會(huì)大陸方面和臺(tái)灣方面副理事長(zhǎng)。雙方峰會(huì)理事會(huì)分別下設(shè)宏觀經(jīng)濟(jì)、能源石化裝備、金融、信息家電、成長(zhǎng)型和中小企業(yè)、文化創(chuàng)意、生物科技與健康照護(hù)等七個(gè)產(chǎn)業(yè)合作推進(jìn)小組，由兩岸相關(guān)主管部門前負(fù)責(zé)人和知名企業(yè)家擔(dān)任召集人，開展經(jīng)常性的交流互訪和產(chǎn)業(yè)對(duì)接活動(dòng)。至此，峰會(huì)與兩岸經(jīng)貿(mào)文化論壇、兩會(huì)商談、海峽論壇并列為兩岸四大交流合作平臺(tái)，成為以兩岸企業(yè)家為主體，以匯聚企業(yè)家智慧、加強(qiáng)對(duì)話交流、深化產(chǎn)業(yè)合作為特色的兩岸企業(yè)界最有影響的交流平臺(tái)。兩岸企業(yè)家峰會(huì)年會(huì)由大陸方面和臺(tái)灣方面輪流主辦，南京市為峰會(huì)年會(huì)大陸永久舉辦地。 

　　2018年7月18日，兩岸企業(yè)家峰會(huì)第二屆會(huì)員大會(huì)在人民大會(huì)堂成功召開。大會(huì)選舉產(chǎn)生了新一屆常務(wù)理事會(huì)及領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)，第十八屆中共中央政治局委員、北京市委原書記郭金龍擔(dān)任峰會(huì)理事長(zhǎng)，第十二屆全國(guó)人大常委會(huì)副委員長(zhǎng)張平擔(dān)任峰會(huì)副理事長(zhǎng)，中華全國(guó)歸國(guó)華僑聯(lián)合會(huì)原主席林軍擔(dān)任秘書長(zhǎng)。為適應(yīng)新形勢(shì)下的兩岸經(jīng)濟(jì)發(fā)展和產(chǎn)業(yè)合作需求，經(jīng)雙方峰會(huì)協(xié)商，峰會(huì)原七個(gè)產(chǎn)業(yè)合作推進(jìn)小組調(diào)整為綜合合作交流、能源及環(huán)保節(jié)能、智能制造及裝備、信息、中小企業(yè)合作及青年創(chuàng)業(yè)、金融、現(xiàn)代服務(wù)業(yè)及文化創(chuàng)意、生物科技與健康照護(hù)等八個(gè)產(chǎn)業(yè)合作推進(jìn)小組，繼續(xù)開展常態(tài)化的產(chǎn)業(yè)對(duì)接與交流。 

　　兩岸企業(yè)家峰會(huì)社團(tuán)自成立以來，秉持“推動(dòng)兩岸企業(yè)家之間的交流，推進(jìn)兩岸產(chǎn)業(yè)合作，深化兩岸經(jīng)濟(jì)互利合作，維護(hù)兩岸關(guān)系和平發(fā)展，振興中華民族經(jīng)濟(jì)”的宗旨，分別于2013年在南京市、2014年在臺(tái)北市、2015年在南京市、2016年在臺(tái)灣金門和福建廈門市、2017年在南京市、2018年在廈門市成功舉辦了六次峰會(huì)年會(huì)；在臺(tái)灣舉辦了2014兩岸自由經(jīng)濟(jì)示范區(qū)及自由貿(mào)易試驗(yàn)區(qū)對(duì)接研討會(huì)和2015兩岸中小企業(yè)合作創(chuàng)新發(fā)展論壇，在東莞舉辦了2017兩岸青年就業(yè)創(chuàng)業(yè)研討會(huì)暨青創(chuàng)成果展覽會(huì)，在重慶舉辦了2017海峽兩岸中小企業(yè)合作重慶峰會(huì)，在河南舉辦了2018兩岸智能裝備制造鄭州論壇，在昆山舉辦了2018兩岸青年就業(yè)創(chuàng)業(yè)研討會(huì)，在重慶舉辦了2018海峽兩岸（重慶）青年創(chuàng)業(yè)研討會(huì)和2018海峽兩岸工業(yè)互聯(lián)網(wǎng)合作論壇。中共十八屆中央政治局常委、第十二屆全國(guó)政協(xié)主席俞正聲出席了2013年、2015年、2016年和2017年舉辦的四次峰會(huì)年會(huì)并發(fā)表了重要講話。中共十九屆中央政治局常委、第十三屆全國(guó)政協(xié)主席汪洋出席了2018年峰會(huì)年會(huì)并發(fā)表了重要講話。