兩岸企業(yè)家峰會發(fā)端于江蘇省南京市，在國務院臺辦和江蘇省委、省政府的大力支持下，圍繞深化寧臺經貿合作和推動企業(yè)轉型升級主題，南京市政府分別于2008年、2010年、2011年和2012年成功舉辦四屆海峽兩岸企業(yè)家紫金山峰會，受到了兩岸各界的廣泛關注。隨著兩岸關系和平發(fā)展不斷鞏固深化，兩岸經濟界迫切需要成立一個最具權威性、開放性、務實性的高端交流合作平臺。在2012年的海峽兩岸企業(yè)家紫金山峰會上，與會政經產學界人士發(fā)布共同倡議，建議在兩岸分別成立兩岸企業(yè)家峰會社團，除每年輪流在大陸及臺灣舉行年會之外，根據(jù)兩岸企業(yè)界的實際需求設立產業(yè)合作推進小組，開展常態(tài)化的交流，以具體務實的方式推動兩岸企業(yè)的交流合作和融合發(fā)展。

　　在兩岸雙方的共同努力下，2013年7月，經中央批準，民政部注冊，大陸兩岸企業(yè)家峰會社團在北京市成立。同年7月，臺灣兩岸企業(yè)家峰會社團在臺北市成立，300多位兩岸知名企業(yè)家和工商團體負責人分別加入各自峰會成為會員，選舉產生雙方峰會領導機構。曾培炎、蕭萬長分別當選雙方峰會理事長，盛華仁、江丙坤分別擔任雙方峰會副理事長。兩岸峰會理事會分別下設宏觀經濟、能源石化裝備、金融、信息家電、成長型和中小企業(yè)、文化創(chuàng)意、生物科技與健康照護等七個產業(yè)合作推進小組，由兩岸相關主管部門前負責人和知名企業(yè)家擔任召集人，開展經常性的交流互訪和產業(yè)對接活動。至此，峰會與兩岸經貿文化論壇、兩會商談、海峽論壇并列為兩岸四大交流合作平臺，成為以兩岸企業(yè)家為主體，以匯聚企業(yè)家智慧、加強對話交流、深化產業(yè)合作為特色的兩岸企業(yè)界最有影響的交流平臺。雙方商定，峰會年會在大陸和臺灣輪流舉辦，南京市為峰會年會大陸永久舉辦地。

　　峰會的成立，是我們抓住兩岸和平發(fā)展歷史機遇，順應民心潮流、擴大交流合作、促進融合發(fā)展、推進國家統(tǒng)一推出的一項重要制度安排。2013年，習近平總書記在會見蕭萬長時強調， 要加強兩岸經濟合作制度化建設，更加重視促進產業(yè)合作，積極評價兩岸企業(yè)家峰會為兩岸企業(yè)和經濟界人士搭建的交流對話高端平臺，希望雙方共同努力把峰會辦好。

　　2018年7月18日，兩岸企業(yè)家峰會大陸方面第二屆會員大會在人民大會堂成功召開。大會選舉產生了新一屆常務理事會及領導機構，十八屆中共中央政治局委員、北京市委原書記郭金龍擔任峰會理事長，十二屆全國人大常委會副委員長張平擔任峰會副理事長。經雙方商定，峰會下設機構調整為綜合合作交流、能源及環(huán)保節(jié)能、智能制造及裝備、信息、中小企業(yè)合作及青年創(chuàng)業(yè)、金融、現(xiàn)代服務業(yè)及文化創(chuàng)意、生物科技與健康照護等八個產業(yè)合作推進小組，以適應新形勢下的兩岸經濟發(fā)展和產業(yè)合作需求。 2021年9月9日，兩岸企業(yè)家峰會臺灣方面在臺北召開第三屆第一次會員大會，選舉劉兆玄擔任理事長，蕭萬長擔任名譽理事長，陳瑞隆和郭臺銘擔任副理事長。

　　兩岸企業(yè)家峰會社團自成立以來，秉持“推動兩岸企業(yè)家之間的交流，推進兩岸產業(yè)合作，深化兩岸經濟互利合作，維護兩岸關系和平發(fā)展，振興中華民族經濟”的宗旨，在國務院臺辦和有關部委的指導和支持下，廣泛團結島內經濟界人士，建立有效對話機制，積極推進兩岸企業(yè)合作、產業(yè)融合發(fā)展，為推動兩岸經濟社會融合發(fā)展做了大量的工作，受到兩岸產經各界的積極肯定。特別是在當前兩岸關系形勢更趨嚴峻復雜的背景下，峰會在促進兩岸關系和平發(fā)展、融合發(fā)展，增強臺胞臺企在大陸發(fā)展信心等方面發(fā)揮了重要平臺作用。自2013年至2021年，在南京、臺北、廈門、金門等地成功舉辦了九次峰會年會。主辦和支持各省市舉辦經貿交流活動。第十八屆中共中央政治局常委、全國政協(xié)主席俞正聲出席了2013年、2015年、2016年和2017年舉辦的四次年會并發(fā)表了重要講話。第十九屆中共中央政治局常委、第十三屆全國政協(xié)主席汪洋出席了2018年和2019年峰會年會并發(fā)表了重要講話。代表中共中央和習近平總書記給2020年和2021年峰會年會的召開發(fā)來賀信。