兩岸企業家峰會發端于江蘇省南京市，在國務院臺辦和江蘇省委、省政府的大力支持下，圍繞深化寧臺經貿合作和推動企業轉型升級主題，南京市政府分別于2008年、2010年、2011年和2012年成功舉辦四屆海峽兩岸企業家紫金山峰會，受到了兩岸各界的廣泛關注。隨著兩岸關系和平發展不斷鞏固深化，兩岸經濟界迫切需要成立一個最具權威性、開放性、務實性的高端交流合作平臺。在2012年的海峽兩岸企業家紫金山峰會上，與會政經產學界人士發布共同倡議，建議在兩岸分別成立兩岸企業家峰會社團，除每年輪流在大陸及臺灣舉行年會之外，根據兩岸企業界的實際需求設立產業合作推進小組，開展常態化的交流，以具體務實的方式推動兩岸企業的交流合作和融合發展。

　　在兩岸雙方的共同努力下，2013年7月，經中央批準，民政部注冊，大陸兩岸企業家峰會社團在北京市成立。同年7月，臺灣兩岸企業家峰會社團在臺北市成立，300多位兩岸知名企業家和工商團體負責人分別加入各自峰會成為會員，選舉產生雙方峰會領導機構。曾培炎、蕭萬長分別當選雙方峰會理事長，盛華仁、江丙坤分別擔任雙方峰會副理事長。兩岸峰會理事會分別下設宏觀經濟、能源石化裝備、金融、信息家電、成長型和中小企業、文化創意、生物科技與健康照護等七個產業合作推進小組，由兩岸相關主管部門前負責人和知名企業家擔任召集人，開展經常性的交流互訪和產業對接活動。至此，峰會與兩岸經貿文化論壇、兩會商談、海峽論壇并列為兩岸四大交流合作平臺，成為以兩岸企業家為主體，以匯聚企業家智慧、加強對話交流、深化產業合作為特色的兩岸企業界最有影響的交流平臺。雙方商定，峰會年會在大陸和臺灣輪流舉辦，南京市為峰會年會大陸永久舉辦地。

　　峰會的成立，是我們抓住兩岸和平發展歷史機遇，順應民心潮流、擴大交流合作、促進融合發展、推進國家統一推出的一項重要制度安排。2013年，習近平總書記在會見蕭萬長時強調， 要加強兩岸經濟合作制度化建設，更加重視促進產業合作，積極評價兩岸企業家峰會為兩岸企業和經濟界人士搭建的交流對話高端平臺，希望雙方共同努力把峰會辦好。

　　2018年7月18日，兩岸企業家峰會大陸方面第二屆會員大會在人民大會堂成功召開。大會選舉產生了新一屆常務理事會及領導機構，十八屆中共中央政治局委員、北京市委原書記郭金龍擔任峰會理事長，十二屆全國人大常委會副委員長張平擔任峰會副理事長。經雙方商定，峰會下設機構調整為綜合合作交流、能源及環保節能、智能制造及裝備、信息、中小企業合作及青年創業、金融、現代服務業及文化創意、生物科技與健康照護等八個產業合作推進小組，以適應新形勢下的兩岸經濟發展和產業合作需求。 2021年9月9日，兩岸企業家峰會臺灣方面在臺北召開第三屆第一次會員大會，選舉劉兆玄擔任理事長，蕭萬長擔任名譽理事長，陳瑞隆和郭臺銘擔任副理事長。

　　兩岸企業家峰會社團自成立以來，秉持“推動兩岸企業家之間的交流，推進兩岸產業合作，深化兩岸經濟互利合作，維護兩岸關系和平發展，振興中華民族經濟”的宗旨，在國務院臺辦和有關部委的指導和支持下，廣泛團結島內經濟界人士，建立有效對話機制，積極推進兩岸企業合作、產業融合發展，為推動兩岸經濟社會融合發展做了大量的工作，受到兩岸產經各界的積極肯定。特別是在當前兩岸關系形勢更趨嚴峻復雜的背景下，峰會在促進兩岸關系和平發展、融合發展，增強臺胞臺企在大陸發展信心等方面發揮了重要平臺作用。自2013年至2021年，在南京、臺北、廈門、金門等地成功舉辦了九次峰會年會。主辦和支持各省市舉辦經貿交流活動。第十八屆中共中央政治局常委、全國政協主席俞正聲出席了2013年、2015年、2016年和2017年舉辦的四次年會并發表了重要講話。第十九屆中共中央政治局常委、第十三屆全國政協主席汪洋出席了2018年和2019年峰會年會并發表了重要講話。代表中共中央和習近平總書記給2020年和2021年峰會年會的召開發來賀信。